I henhold til friskoleloven har Samsø Frie Skole valgt en tilsynsførende til at føre eksternt tilsyn med, om skolens samlede undervisningstilbud ud fra en helhedsvurdering står mål med, hvad der i almindelighed kræves i folkeskolen.
Samsø Frie Skoles tilsynsførende hedder Peter Leth Andresen. Peter er skoleleder på Børnenes Friskole i Aarhus.
Tilsynsrapporterne kan ses her.