I henhold til friskoleloven har Samsø Frie Skole valgt en til at føre eksternt tilsyn med, om skolens samlede undervisningstilbud ud fra en helhedsvurdering står mål med, hvad der i almindelighed kræves i folkeskolen.

Samsø Frie Skoles tilsynsførende hedder Claus Pawelczyk og er viceskoleleder på Randers Lilleskole.

Tilsynsrapporterne kan ses her.