Børnene på Samsø Frie Skole er tilknyttet det kommunale system, når det gælder skolelæge/skolesundhedsplejerske og skoletandlæge. Det indebærer, at børnene undersøges og hjælpes på lige fod med øvrige skolebørn på Samsø.
Skolesundhedsplejen ved Samsø Frie Skole har tilbud til børn, forældre og medarbejdere. Fra september 2019 træffes sundhedsplejersken på skolen hver onsdag. Samsø Kommunens Kommunalbestyrelse har fastlagt aktiviteter for skolesundhedsplejen, som kan ses på Kommunens hjemmeside www.samsoe.dk under ”familie, børn og unge – sundhedsplejen. Sundhedsplejersken møder børn og deres forældre i 0.kl, 1. kl., 6.kl., og udskolingsklassen.
Ud over funktionsundersøgelser, såsom måling af højde og vægt og test af syn, farvesans og hørelse, deltager sundhedsplejersken i samtaler om sundhed og trivsel, i dialog med det enkelte barn, grupper af børn, unge og forældre. Sundhedsplejersken deltager også efter behov i skolens sundhedspædagogiske arbejde og ved forældremøder, det vil sige oplysning og undervisning omkring sundhed, trivsel, pubertet og andet.
Har et barn vanskeligheder med sprog/udtale etc. er der mulighed for at få hjælp på skolen af Samsø Kommunes tale/hørepædagog.
Samsø Frie Skole er tilknyttet PPR Skanderborg (Pædagogisk, Psykologisk Rådgivning). PPR er behjælpelige, hvis et barn har ekstraordinære faglige eller sociale vanskeligheder. Vurderer skolen, i samråd med forældrene, at et barn har brug for mere, end den almindelige undervisning kan tilbyde, eller at et barn har sociale udfordringer, der er hæmmende for barnets dannelse og uddannelse, tages kontakt med PPR. Sammen med skolepsykologen fra PPR aftales de videre foranstaltninger, der kan være af meget forskellig art.